La fondation Hippocrène intervient principalement dans 4 domaines, avec un prisme européen :

• Les échanges et débats entre européens
• La culture
• L'éducation
• L'humanitaire et le social

Elle s'engage auprès de porteurs de projet selon des modalités différentes :
Un engagement de long terme vis-à-vis d'acteurs qui sont placés au coeur de son objet social. La fondation accompagne alors leur développement dans une logique partenariale Elle encourage à moyen terme des porteurs de projets émergents positionnés sur ses priorités. La fondation intervient alors dans une logique d'amorçage dans le but de densifier le tissu de la société civile européenne Elle contribue enfin à des projets ponctuels qui correspondent à ses priorités.

En 2012, la Fondation Hippocrène a soutenu financièrement 47 projets dont 12 dans le domaine des échanges européens (24% des financements accordés), 15 dans le domaine de l'éducation (25%), 18 pour la culture (36%) et 2 dans le domaine du social et de l'humanitaire (15%). Un rééquilibrage entre anciens et nouveaux projets a été amorcé puisque la Fondation a financé 12 nouveaux projets en 2012. Par ailleurs, parmi les 47 projets, 7 concernent les médias et 8 ont une dimension sociale. Ces deux axes correspondent aux objectifs de développement de la Fondation qui souhaite encourager la visibilité des messages européens de qualité et toucher des populations ayant peu l'occasion d'entendre parler d'Europe.
La Fondation Hippocrène s'implique également depuis 2010 dans le domaine de l'éducation à travers le Prix Hippocrène de l'éducation à l'Europe auquel elle consacre un budget annuel de 40 000€ et dont elle est à l'initiative.